C’est au 10ème siècle, en Belgique (dans la ville de Gheel), que la première expérience de l’utilisation du lien homme-animal a été enregistré : il s'agissait de confier la garde d'oiseaux à certains malades pendant leur convalescence afin de leur rendre un minimum de confiance en eux-mêmes.
A la fin du 18ème siècle, c'est en Angleterre que William Tuke démontre que le fait de s’occuper d’animaux de ferme intégrés dans l’établissement améliore la concentration et le sentiment de responsabilité de patients déficients intellectuels. De plus, ceux-ci sont des réels facilitateurs de la communication et des capacités sociales.
C’est ainsi que fut fondée l'institution «York Retreat» dans le cadre de la prise en charge des personnes malades mentales. Elle fut la pionnière dans l’introduction d'animaux pour faciliter les thérapies. L'un de ses nouveaux traitements consistait à confier des lapins et des volailles aux patients afin qu'ils les soignent, se rendant ainsi responsables. Cette méthode se poursuit encore aujourd'hui.
Durant la guerre de Crimée (1854-1856), Florence Nightingale, fondatrice britannique des techniques infirmières modernes est officiellement la première à utiliser les animaux dans le soin humain (améliorer la qualité de vie), elle souligne que l’utilisation des animaux est particulièrement positive pour les maladies chroniques.
C’est en 1919, au sein du Elizabeth’s Hospital à Washington, que des animaux sont confiés aux patients hospitalisés en psychiatrie. Les bénéfices sont remarquables mais la présence des animaux dans le soin humain sera bloquée par l’arrivée des psychotropes.
En 1937, Freud publie que « les enfants n’ont aucun scrupule à considérer les animaux comme leurs semblables à part entière. Ils se sentent davantage apparentés aux animaux qu’à leurs parents, qui peuvent bien être une énigme pour eux. Dans un premier temps, la ressemblance est du côté de l’animal, la différence du côté de l’adulte ».
En 1940, c’est au Pawling Army Air Force Convalescent Hospital, que l’on retrouve le premier document sur les thérapies assistées par l’animal (TAA) évoquant l’introduction de chiens pour remonter le moral des blessés de guerre et améliorer leur guérison.
Puis c’est durant les années 50, aux Etats Unis, avec Boris Levinson, psychologue pour enfant et professeur en psychiatrie que naît officiellement la thérapie assistée par l’animal sous le nom de Pet Facilitated Psychotherapy.
C’est lors d’une consultation dans son cabinet, que Levinson constate par hasard qu’un enfant autiste, avec qui il n’arrive pas à entrer en relation, se met en revanche à communiquer avec son chien Jingle présent par hasard dans la pièce. Les progrès sont tels que les parents ne placeront finalement pas leur fils en institution.
Levinson reproduit alors l’expérience avec d’autres jeunes patients et constate les mêmes effets. Il est ainsi, le premier à présenter ses recherches de façon scientifique au sein du congrès annuel de l’American Psychological Association à New York City en 1961. Cela a marqué un véritable tournant dans le développement des recherches sur l’utilité de la médiation animale et la façon d’introduire un animal dans un plan de traitement thérapeutique.
Dans la mouvance de Boris Levinson, le couple de psychiatres Samuel et Elisabeth Corson, reprend et prolonge ses travaux et sont les premiers à « utiliser » l'animal de compagnie comme moyen de thérapie dans les maladies mentales notamment dans le traitement de la schizophrénie et pour les personnes réfractaires aux thérapies conventionnelles. Ils constateront alors une diminution de la prise de médicaments psychotropes.
En France, c’est le vétérinaire Ange Condoret passionné pour les relations qui peuvent se nouer entre les enfants et les animaux, qui développa la pratique et créa en 1977 l’AFIRAC (Association Française d’information et de Recherche sur l’Animal de Compagnie).
Aujourd’hui, dans un grand nombre de pays (Canada, Etats-Unis, Australie, Japon...) des programmes de Thérapie Facilitée par l'Animal se développent dans les hôpitaux, les maisons de retraite, les institutions spécialisées...
Dans certains pays tels que le Canada et la Suisse des Associations de Thérapie facilitée par l'Animal sont déclarées d'utilité publique.